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Dr. Marie-Josée Côté

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For over 25 years, Dr. Côté has been working for the Ottawa Plant Laboratory developing molecular methods for the identification of closely related plant pest species or subspecies. Dr. Côté initially developed molecular tests for the identification of regulated fungi species of the Monilinia and Phoma genus as well as fingerprinting methods for the identification of potato varieties and insect biotypes (Lymantria dispar). In support of the Canadian Seed Certification program, Dr. Côté’s research program then focused on the establishment of variety genotyping methods and genotype databases for several crops as well as for the Japanese barberry importation program. Following the implementation of lists of plant species regulated by the Canadian government as plants and seeds, Dr. Côté initiated the establishment of a reference barcode sequence database of all regulated weed species and their close relatives. The reference barcode sequences are routinely used by the CFIA botany diagnostic laboratory to confirm morphological identifications. Currently, Dr. Côté is investigating the use of High Throughput Sequencing (HTS) technology combined with barcoding (metabarcoding) for the identification of weed or crop seeds contaminating seed lots.


Depuis plus de 25 ans, Dr. Côté travaille au laboratoire de plantes d’Ottawa, à l’élaboration de méthodes moléculaires pour l’identification d’espèces ou de sous-espèces rapprochées de phytoravageurs. Au départ, Dr. Côté a travaillé au développement de tests moléculaires pour l’identification d’espèces de champignons règlementées du genre Monilinia et Phoma ainsi qu’au développement de méthodes d’empreintes génomiques pour l’identification variétés de pomme de terre et de différents biotypes d’un insecte ravageur (Lymantria dispar). Par la suite a suivi l’implantation de plusieurs méthodes utilisant les microsatellites ainsi que les bases de données comprenant les génotypes menant à l’identification des variétés enregistrées sous le programme de certification des semences et ce pour plusieurs grandes cultures. Suivant l’implantation de listes de plantes envahissantes règlementées en tant que plantes ou semences, Dr. Côté a procédé par la suite a l’établissement de séquences barcodes de référence représentant toutes les espèces de plantes règlementées au Canada ainsi que les espèces proches parents. Jusqu’à ce jour, les barcodes de références sont utilisés de façon routinière par le laboratoire de botanique diagnostique de l’ACIA à des fins de confirmation des identifications morphologiques. Présentement, Dr. Côté expérimente l’utilisation de séquençage de masse (HTS) en combinaison avec la séquence barcode (metabarcoding) pour l’identification de mauvaises herbes et autre cultures contaminant les lots de semences certifiés.


Title: Looking for a needle in a haystack : use of metabarcroding to find weeds and invasive species in seed lots

Titre: Chercher une aiguille dans une botte de foin: l’utilisation du métabarcodage pour trouver les mauvaises herbes et plantes envahissantes dans les lots de semences

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